A kernel transformation language for metamodel evolution and reversible model co-evolution

This report defines MicroDif, a kernel transformation language for metamodel evolution and reversible model co-evolution. To begin with, a kernel subset of Ecore is highlighted and formally defined thanks to a suitable denotational semantics. Then MicroDif is formally defined upon this subset. In a first step, the focus is put on metamodel evolution provided by a set of refactoring operators. In a second step, the focus is put on model co-evolution which is intended to be reversible thanks to a dedicated pair of transformations respectively called migration and recontextualization. Each MicroDif operator is also provided with a dedicated predicate which explains the sufficient conditions for a model to remain valid after these transformations

Relationships between sterol/phospholipid composition and xenobiotic transport in nematodes

International audienceTherapeutic failure limits prophylaxis of nematode diseases and has been mainly attributed to mutations in cellular targets of anthelmintics. Besides these specific mechanisms, alterations of drug transport also occur in parasites resistant to anthelmintics and depend on both the presence of membrane pumps such as P-glycoprotein (Pgp) and on the lipid composition of membranes. We recently showed in the nematode Haemonchus contortus, using eggs as a model, that the total cholesterol (TC) concentration alters the transport of lipophilic molecules due to membrane pumps such as P-glycoprotein and the resistance to anthelmintics. The effect of TC may depend on the presence of other lipids interacting with TC. Therefore, we analysed the lipid composition and its relationship with Pgp and resistance to anthelmintics. Better correlations were found between Pgp and free cholesterol (FC) than with TC. We also showed that the relationships between lipid composition and resistance to anthelmintics or Pgp depended on the equilibrium between FC and phospholipids (PLs), mainly PLs known to be present primarily in either the external leaflets of cell membranes or the internal leaflets. The PLs phosphatidylcholine and phosphatidylethanolamine played the most significant role, but phosphatidic acid also influenced drug resistance

Efflux pump inhibitors: a progress in parasitic nematode control

Animal and human nematode infestations are controlled primarily with anthelmintics. However, their continuous administration during outbreaks represents a significant expense for livestock farms. In humans also, their high cost limits their use in poor areas where parasitic worms are most prevalent and most pathogenic. Furthermore, nematodes have developed drug resistance mechanisms, specific or not, which reduce the efficiency of treatments. Among these mechanisms, the accelerated removal of anthelmintics by efflux pumps present in cell membranes, eggshells and cuticles is a major limiting factor. This accelerated efflux is very similar to the mechanism of multidrug resistance (MDR) observed in cancer cells and protozoa. This phenomenon is all the more worrying that it applies simultaneously to several chemical families of drugs. One solution is to block the efflux pumps in parasites with inhibitors. These pumps belong to the large family of ABC transporters, which have many characteristics in common. Some have major physiological functions or protect organs from toxic agents. As much as possible, inhibitors should not have any effect on the pumps of the host and target the parasite exclusively. The diversity of these pumps is greater in nematodes than in vertebrates, and there are differences in their protein structures. Some parts of these proteins are relatively well-conserved in the animal kingdom, while other parts show little homology from one transporter to another or from one species to another. The affinity of these pumps for the substrates can vary with the mutation of a single amino acid. These differences could be used to develop inhibitors specific of nematode pumps, which could then be combined with anthelmintics.Les anthelminthiques constituent le moyen majeur de lutte contre les nématodoses animales et humaines. Administrés de façon continue en période d'infestation, ils représentent un coût considérable pour les élevages. Chez l'homme, ce coût limite leur distribution dans les zones géographiques défavorisées où pourtant les vers parasites sont les plus nombreux et les plus pathogènes. De plus, les nématodes ont développé des mécanismes de chimiorésistance, spécifiques ou non, qui réduisent l'efficacité des anthelminthiques. Parmi ces mécanismes, le rejet accéléré des molécules thérapeutiques par des pompes d'efflux est semblable au mécanisme de multi-résistance aux médicaments (MDR) des cellules cancéreuses et des protozoaires. Ces pompes sont présentes dans les membranes cellulaires, la coque des œufs et les cuticules des nématodes. Ce rejet accéléré est d'autant plus préoccupant qu'il s'applique simultanément à plusieurs familles chimiques d'antiparasitaires. Une des solutions consiste à bloquer les pompes d'efflux des parasites à l'aide d'inhibiteurs. Ces pompes appartiennent à la grande famille des transporteurs ABC dotés de nombreuses caractéristiques communes. Certains de ces transporteurs jouent des rôles physiologiques déterminants ou protègent les organes des molécules toxiques. Les inhibiteurs doivent donc être autant que possible dépourvus d'action sur les pompes de l'hôte. La variabilité des pompes est plus importante chez les nématodes que chez les vertébrés, et il existe des différences dans leur structure protéique. Certaines parties de ces protéines sont bien conservées dans le règne animal, tandis que d'autres présentent peu d'homologie d'un transporteur à l'autre ou, pour un même transporteur, d'une espèce à l'autre. L'affinité de ces pompes pour les substrats peut varier en fonction de la mutation d'un seul acide aminé. Ces différences pourraient être mises à profit pour développer des inhibiteurs spécifiques des pompes des nématodes et les utiliser en association avec les anthelminthiques

The Steam Boiler Controller Problem in Signal-Coq

Among the various formalisms for the design of reactive systems, the SIGNAL-CO- Q formal approach, i.e. the combined use of the synchronous dataflow language SIGNAL and the proof assistant COQ, seems to be especially suited and practical. Indeed, the deterministic concurrency implied by the synchronous model on which SIGNAL is founded strongly simplifies the specification and the verification of such systems. Moreover, COQ is not limited to some kind of properties and so, its use enables to disregard what can be checked during the specification stage. In this article, we underline the various features of this SIGNAL-COQ formal approach with a large scale case study, namely the Steam Boiler problem

Algorithmique et programmation objet: Java en résumé, 200 exercices corrigés

National audienc

Fondements de la programmation orientée objet avec Java 8: Des mécanismes d'exécution aux bonnes pratiques de développement logiciel

National audienc

Un aperçu de l'ingénierie du logiciel en 12 leçons de L1 Informatique

National audienceUn cours d’ingénierie du logiciel a été créé cette année en L1 Informatique (deuxième semestre). L’objectif principal est de donner une vision globale du cycle de développement d’un logiciel. Au premier semestre, l’enseignement de l’informatique est commun à la plupart des mentions de la licence Sciences, Technologies, Santé. Au cours de la première année, les élèves ont 48h d’introduction à l’architecture des machines et à l’algorithmique en CAML, et 48h d’initiation à la programmation en Visual Basic et aux outils bureautiques (Word et Excel).La pédagogie retenue est centrée sur le projet en déroulant le cycle de développement lors de 12 leçons de 2 heures (sur 12 semaines). La répartition des leçons est la suivante : cahier des charges et cycle de développement (1), expression de besoins (2), analyse (3), conception (3), utilisation d’un logiciel correspondant au cahier des charges et non-réalisé par les élèves (1), tests et qualification du logiciel (2). L’accent est volontairement mis sur toutes les activités d’ingénierie du logiciel à l’exception de la programmation.Sauf pour la conception, le cycle de vie en V permet un apprentissage séquentiel et « par l’exemple » : du cahier des charges à l’expression des exigences avec les cas d’utilisation, des cas d’utilisation à l’analyse avec les diagrammes de classe et de collaboration, de l’analyse aux tests avec un plan de tests et des cas de tests issus des exigences. L’apprentissage de la conception est abordé à l’aide d’une démarche inductive de type rétro-ingénierie. Un modèle de programmation en couches (données, traitements, présentation) est défini et illustré avec Excel, Query et Visual Basic. Ensuite, certains composants déjà programmés sont rétro-conçus pour faire prendre conscience de ce que sont les artefacts de conception (reprenons la définition de l’ISO 15504 : identifier les composants principaux du logiciel et les raffiner en unités plus petites qui peuvent être codées, compilées et testées). A partir de là, il est possible d’effectuer l’activité de conception proprement dite c.à.d. obtenir à partir de l’analyse des modèles de conception : modèle logique de données, vues (ou requêtes), algorithmes de traitement, dialogue homme-machine.Deux projets sont le support des apprentissages. Le premier, un agenda électronique partagé, est utilisé pour illustrer les produits de sortie (« deliverables ») de chaque phase du cycle. Les "deliverables" du premier projet, établis par les enseignants, servent de base et d’exemple aux élèves lors du développement du deuxième projet, un forum de discussion. Afin d’éviter la phase de codage (hors de portée du cours et des élèves), un forum de discussion correspondant à peu près au cahier des charges est fourni. Les élèves ont à leur charge de configurer ce qui est possible, de constater les écarts avec les exigences qu’ils ont formulées dans les cas d’utilisation et de qualifier le logiciel fourni lors des tests.L’évaluation porte pour 2/3 sur le projet réalisé (1/3 en commun et 1/3 en examen individuel) et pour 1/3 sur les connaissances enseignées. Ce cours semble bien reçu par les élèves (une douzaine) malgré des difficultés au début de chaque phase due à la complexité et à l’étendue des sujets abordés

Rôles et régulation des P-glycoprotéines de membrane impliquées dans les mécanismes de résistance multiple des nématodes parasites des petits ruminants aux anthelminthiques

Les P-glycoprotéines (P-gp) jouent un rôle primordial dans la résistance multiple aux anthelminthiques des nématodes parasites des petits ruminants. Ce travail de thèse a permis de décrire le premier schéma du transport des anthelminthiques pour un modèle œuf de nématode impliquant les P-gp et de montrer le rôle de l environnement membranaire dans leur activité. Les anthelminthiques pénétreraient dans les œufs soit par diffusion passive soit par capture directe par les P-gp (influx). Les anthelminthiques activeraient les P-gp et changeraient leur conformation. Les P-gp activées éliminent les anthelminthiques (efflux) et préserveraient ainsi l œuf de leurs effets toxiques. Ce transport des anthelminthiques est altéré par la modification de la teneur en cholestérol des œufs. Le cholestérol agirait soit indirectement sur la solubilisation des anthelminthiques dans les membranes soit directement sur l activité des P-gp.P-glycoproteins (Pgp) play an important role in the multiresistance to anthelmintics in the parasitic nematodes of small domestic ruminants. This work allowed to describe the first scheme for the transport of anthelmintics in nematode egg implying Pgp and to show the role of membrane environment in their activity. The anthelmintics could penetrate into eggs either by passive diffusion or by direct capture by Pgp (influx). The presence of anthelmintics would activate Pgp by changing their conformation. Once activated, Pgp eliminate the anthelmintics (efflux) and protect eggs from their toxic effects. The transport of anthelmintics is altered by changes in cholesterol content of eggs. Cholesterol could act either indirectly on the solubilisation of anthelmintics in membranes or directly on Pgp activity.TOURS-BU Sciences Pharmacie (372612104) / SudocSudocFranceF